Zamysł wybudowania nowego budynku Szkoły Podstawowej w Margoninie zrodził się na początku 1978 roku. Budowę budynku szkolnego rozpoczęto 4 września 1978. Dzięki pomocy władz i wsparciu mieszkańców gminy, budowa trwała tylko 5 lat. 1 września 1983 roku podczas inauguracji roku szkolnego nastąpiło uroczyste otwarcie szkoły, któremu przewodniczył wojewoda. Wraz z oddaniem do użytku nowego budynku szkolnego, wręczono sztandar szkolny.

 

 

Imię patrona zostało przejęte od starej szkoły, która mieściła się na ulicy Poznańskiej. Uroczystość nadania imienia patrona Szkole Podstawowej odbyła się 19 maja 1974 roku. Co roku, 19 lutego, szkoła obchodzi swoje święto, jest to data urodzin patrona - Mikołaja Kopernika.

Przez lata istnienia, tak jak zmieniały się zasady edukacji, tak i szkoła w Margoninie wielokrotnie się przekształcała. Przed wybudowaniem budynku szkolnego na ulicy Polnej dzieci uczyły się w Zbiorczej Szkole Gminnej. Szkoła ta funkcjonowała w latach 1973-1984.

1983 roku powstała filialna szkoła w Próchnowie, w której nauczano dzieci z klas od I do III. Szkoła ta funkcjonowała 13 lat, w 1996 roku zlikwidowano tę placówkę.

Od 1 stycznia 1994, czyli na dwa lata przed ustawą, przewidująca zmianę dotychczasowej struktury szkolnictwa roku powołano do życia szkołę samorządową. Organem prowadzącym i sprawującym kontrolę nad szkołą został Urząd Miasta i Gminy Margonin. W tym czasie przekształcono system edukacji, zamieniając jednostopniowe nauczanie (od I do VIII klasy) na system dwustopniowy, składający się z 6 lat szkoły podstawowej i 3 lat nauki w gimnazjum.

Dyrektorem Zbiorczej Szkoły Gminnej był pan Mieczysław Nowak. Obecnie funkcję dyrektora szkoły pełni mgr Jerzy Wiśniewski, który objął to stanowisko 1 września 1991 roku.

 

Na początku swej działalności, czyli w 1983 roku w Szkole Podstawowej uczyło się 532 uczniów, zaś grono pedagogiczne liczyło 26 nauczycieli. Dziś w klasach od I do VII uczy się 424 uczniów, których naucza 34 nauczycieli, z czego 28 jest na stałych etatach, a pozostali zajmują się terapią zajęciową.

Uczniowie szkoły wydają wiele interesujących gazetek szkolnych np.: "Szkolniak" gazeta wydawana przez Samorząd Uczniowski "Reksio" czasopismo uczniów nauczania początkowego "Słówko" gazetka katechetyczna Uczniowie Margonińskiej Szkoły biorą czynny udział w wielu przedsięwzięciach ekologicznych, prozdrowotnych i charytatywnych. 

Życie szkoły nie jest monotonne. Dzieci biorą udział w wielu konkursach, festiwalach, wycieczkach krajoznawczych, ogólnopolskich, rajdach. Dzięki pomocy finansowej sponsorów uruchomiono internetową pracownię komputerową i pracownię do muzyki i plastyki.

Szkoła z myślą o rozwoju swoich uczniów nawiązała szereg kontaktów z innymi organizacjami:

• w ramach współpracy z Bankiem Spółdzielczym reaktywowano działalność SKO.
• Stały kontakt z Ośrodkiem Zdrowia - dzięki tej współpracy uruchomiono w szkole świetlicę socjoterapeutyczną, organizowane są w szkole programy profilaktyczne dotyczące walki z uzależnieniami, umożliwiono rodzicom i uczniom korzystanie z porad psychologa.
• Dla potrzeb uczniów szkoła nawiązała współpracę z bibliotekami z całego województwa, powiatu i gminy.
• Nauczyciele prowadzą zajęcia w Miejsko-gminnym Ośrodku Kultury w Margoninie i w klubie sportowym LZS "Leśnik". Uczniowie szkoły odnoszą liczne sukcesy w konkursach uczniów olimpiadach, nawet na szczeblu ogólnopolskim.